藏語中，昌是鷹、鷂的意思，珠是龍的意思。相傳此地在建寺前有一惡龍，被松贊干布化身為大鵬降伏後才得以建寺，故得名。據說蓮花生和米拉日巴等藏傳佛教史上有名的人物都曾在昌珠寺周圍修行，仍存的修行地遺址是佛教信徒朝拜的聖地。
相傳7世紀時由吐蕃贊普松贊干布主持建造，後又經帕莫主巴大司徒絕曲堅參改建擴建。據說文成公主曾在該寺駐足修行，留有遺物。帕竹政權時期，昌珠寺進行過大規模的維修和擴建。昌珠寺在其晚期歸屬格魯派。
昌珠寺大殿下層佈局和形式與拉薩大昭寺大殿相仿。寺內原保存有大量古代壁畫和松贊干布、文成公主、尼泊爾尺尊公主及大臣祿東贊等人塑像，造型古樸生動。達賴五世修茸時並加蓋金頂。達賴十三世亦曾維修。
昌珠寺的珍珠唐卡為鎮寺之寶，所畫的是堅期木尼額松像（觀世音菩薩憩息圖）。整個唐卡長2米，寬1.2米，共耗珍珠26兩（計29026顆），鑲嵌鑽石一顆，紅寶石二顆，藍寶石一顆，紫寶石0.55兩，綠松石0.91兩（計185粒），珊瑚4.1兩（計1997顆），黃金15.5克。每天吸引許多信徒遊客前來觀瞻朝拜。