桑耶寺位於山南地區扎囊縣哈不日神山腳下，是西藏第一座剃度僧人出家的寺院，也是藏傳佛教史上第一座「佛、法、僧」俱全的寺院，被稱為「建築史上的佳作」。寺廟建築按佛教的宇宙觀進行佈局，大殿兼具藏族、漢族、印度三種風格，因此桑耶寺也被稱作三樣寺。
桑耶寺是以古代印度婆羅王朝在摩揭陀所建的烏達波寺為藍本，由蓮花生大師主導，歷時12年才建造而成。傳說在初建時，赤松德贊急於想知道建成後的景象，於是蓮花生就從掌中變出了寺院的幻象，赤松德觀看後不禁驚呼「桑耶」（意為「出乎意料」、「不可想像」），後來就把這一聲驚呼作為了寺名。桑耶寺經過歷代增修擴建，佔地面積為4900多平方米，主殿周圍可見八小洲、日月殿和白黑綠紅四塔星羅拱衛，規模宏偉。清晨或傍晚登上桑耶寺旁的哈布日神山山頂，可俯瞰桑耶寺全景以及雅魯藏布江的景觀，風光無限。
桑耶寺整個寺廟坐北朝南，由中心大殿和周圍迴廊兩大部分構成。寺廟的佈局是按照佛經中的「大千世界」的結構佈局設計，依照密宗的曼陀羅建造。以烏孜大殿為主體，代表世界中心須彌山，大殿周圍的四大殿表示四鹹海中的四大部洲和八小洲，太陽、月亮殿象徵宇宙中的日、月兩殿，寺廟圍牆象徵世界外圍的鐵圍山；主殿四周又建紅、白、綠、黑四塔，以鎮服一切凶神邪魔，防止天災人禍的發生。圍牆四面各設一座大門，東大門為正門。
烏孜大殿和甬道迴廊裡繪滿了壁畫，除了常規題材，圍牆中層廊道上還有著名的「西藏史」壁畫，畫中記載了從遠古傳說的羅剎女與神猴結合繁衍藏族開始，一直到宗喀巴創立格魯派，止於9世達賴。壁畫長92米，洋洋灑灑，恢弘壯麗，被譽為西藏的「繪畫史記」。此外，在大殿的一層和二層有「桑耶寺史記」，2層南側還有「蓮花生傳記」等壁畫，無不精美絕倫，不可錯過。
在東門的南側有立於赤松德贊時期的方柱形石碑，風格古樸，沒有花紋等裝飾，這就是著名的《桑耶興佛證監碑》，碑文均為古代藏文，記載了公元779年赤松德贊為供養桑耶寺作出的盟誓。在大殿的門廊內還有赤松德贊王妃與王子所鑄的大鐘，是西藏地區鑄造的第一口銅鐘。
寺院周圍樹木茂盛，蔥鬱成林，河渠縈繞，黑頸鶴悠然覓食，可謂世外仙境，高原綠洲。