肉身寶殿，始建於唐代貞元年間，大殿建築多次被毀，多次重建。肉身寶殿是九華山最精華、最神聖的地方，也是遊客來到九華山的必去之地。因為這裡安葬著高僧金喬覺（地藏菩薩）的肉身。金喬覺（公元696-794年），是新羅僧人，俗稱金地藏，古新羅國（今朝鮮半島東南部）國王金氏近族。24歲時，削髮為僧，來到九華山，潛心禪修，弘揚佛法，於唐貞元十年（公元794年）圓寂。
根據佛法，金喬覺圓寂後，肉身放入缸中成殮。三年後，僧徒門圍著缸建造佛塔，又在塔基上興建殿宇，這座「殿中有塔，塔中有缸，缸中有肉身」的殿宇，就是著名的肉身寶殿。由於戰事紛爭，怕地藏肉身被毀壞，後世弟子已將石塔密封。清光緒十二年（公元1886年），又建造七層八方木質寶塔一座，將三層石塔包裹住。如今，遊客來到肉身寶殿，是無緣瞻仰到地藏菩薩的不朽真身的。
如今的肉身寶殿，是塔殿式建築，上蓋鐵瓦，四角有宮殿式翹簷。殿內漢白玉輔地，塔基上建有七層八方木塔（木塔內是安葬肉身的三層石塔），每層木塔有佛龕，每龕均供奉金地藏金色坐像。在木塔前懸著鏤空八角琉璃燈，不分晝夜，終年燈火長明。
肉身寶殿有南北兩個大門，其中南門是正門，而北門前比較開闊，有半月形瑤台，台上鑄有三座大鼎，香客在此燒香拜佛（殿中不能燒香）。香客來到這裡，除了燒香之外，還會進入大殿，跟隨著人流，順時針的繞塔祈福。繞塔時，很多信眾會默念「「南無大願地藏菩薩」，繞塔圈數為單數。
肉身寶殿南門的「地藏大願」匾額，北門廊下的黑底金字橫匾「眾生度盡，方證菩提；地獄不空，誓不成佛」，都出自民國總統黎元洪之手。寶殿周邊，林木茂盛，前往寶殿的上山古道也都隱於深山叢林之中。
農曆七月三十日（小月二十九日）為地藏菩薩聖誕日，傳說這一天也是金地藏的圓寂日、成道日，九華山僧侶都要在肉身殿舉行重大活動，稱「地藏法會」，誦《地藏菩薩本願經》，守地藏肉身塔。