五塔寺原名慈燈寺，位於呼和浩特舊城東南，五塔只是慈燈寺內的一座佛塔。曾經寺院建築全都坍塌只剩下這座佛塔，因此才有後人得知此處有寺院，重建時便名為五塔寺。五塔寺是一座藏傳佛教寺院，也是蒙古地區藏傳佛教的發源地。
五塔寺的南面面對五塔寺廣場，入口也在此處。五塔寺佈局是典型的漢族的中軸線特色，中軸線南北走向，兩邊嚴格對稱。寺內共分為三個院落，分別是最南邊的三世佛殿院，中間的文化展院和最北邊的慈燈寺院，其中最後一個院落又分為南北兩個部分。五塔寺的面積不大，縱深僅有150公尺左右。
從五塔寺南門進入寺院，首先來到第一個院落，園內靠南處兩邊各有一座白色小塔，具有藏傳佛教特色。正對面是三世佛殿，供有大日如來佛等12尊佛像。三世佛殿在建築上既有漢族宮殿的特色，又有少數民族和藏傳風範，這也是整個寺院建築的大體風格。
穿過三世佛殿後來到中間的院子，對面的建築上清晰大字寫有「呼市召廟文化展」。召廟文化是指內蒙古的佛教寺院特有的一種佛寺壁畫文化。在召廟文化展建築內部，左側的牆上掛有歷史上宗喀巴、阿拉坦汗等人像，右側列有我國現存金剛座舍利寶塔召廟圖，體現了呼和浩特召廟文化的淵源流長。
最後來到最北邊的院子，院子中央是慈燈寺的大殿，大殿背後便是著名的舍利寶塔。這座舍利塔始建於清雍正年間，高約16公尺，塔身均以琉璃磚砌成，塔身下層是用三種文字刻寫的金剛經經文，上層則為數以千計的鎏金小佛，刻工精巧，玲瓏秀麗。參觀五塔寺時不光可以在外面觀看，還可以上到塔座頂上，俯視全寺，視野不錯。
在舍利塔背後的北牆處有一座蒙文天文圖石刻，天文圖直徑144.5公分，天球圓面以北天極為圓心，畫出二十八宿赤經位置的經線，還有五個同心圓，由裡向外為天北極圈、夏至圈、天赤道圈、冬至圈、天南極圈。這是迄今為止世界上唯一用蒙古文標注的一幅天文圖，具有很高的研究價值。