秀姑巒溪源於花東交界處，從台東縣池上附近的北坡地沿花東縱谷北流，於瑞穗鄉瑞美村東折，橫斷海岸山脈，由大港口出海。
秀姑巒溪泛舟以奇美為中心，大致可分成二段，前段的航程水流平穩，是培養默契及訓練技術最佳航段。後段水流非常湍急，漩渦、險灘不斷，不必划槳就能前行，但要小心控制方向，否則容易翻船。
全程共23處激流，且沿途山澗溪谷殊美，故已開發成為台灣橡皮艇泛舟的熱門去處。其中瑞穗大橋至奇美有七處激流，其餘則分佈在奇美以下至長虹橋之間，以第七處激流最為驚險。
行約兩小時，陸續經過幾處激流後穿過奇美吊橋，迎面而來的是第七處激流，通過這一關的考驗，即可來到奇美休息地，暫時停泊休憩。此地是一片廣大砂灘地，遊客多於此用餐休息。
奇美過後，呈現出不一樣的峽谷秀麗風光，此段水域潭深水闊，沿途是一連串漩渦與險灘，此時始進入真正的泛舟高潮。待長虹橋展現，激流、險灘已成過去，取代的是寬闊平緩水域，泛舟之旅遂於此畫上休止符。
由瑞穗大橋到長虹橋出海口，整個航程約3~4小時，每年5、6月固定舉行的秀姑巒溪國際泛舟邀請賽，已成為最重要的泛舟活動。