南方澳中有三個漁港
第一漁港，即「南方澳漁港」，於日據時代所建，是南方澳最早期的漁港，漁港對面的南天宮則為當地的信仰中心，而南方澳漁港的底端則有許多快炒店、海產店等，讓民眾能一嘗新鮮的海味。
第二漁港，即「內埤漁港」，於民國44年興建，為三個漁港中最小的，每天的下午3點至5點，會有各地湧來的魚販在市場中叫賣，遊客也可加入行列，以便宜的價格就可以買到新鮮的海鮮。
第三漁港，興建於民國54年，相對於前二個漁市場，位在第三漁港邊的第三漁市則顯得冷清多了，目前供大型圍網漁船及遠洋漁船停泊；除了豐饒的漁業發展之外，珊瑚加工業也曾在這個小漁港盛極一時，後來因採收過度逐漸沒落，但目前港邊道路上依舊留有數家珠寶珊瑚，琳琅滿目供遊客細選精品。
南方澳跨港大橋  
南方澳漁港為南方澳的發展重地，南方澳市區依碼頭環繞而成，以往從北岸到南岸，都要繞過一大圈，但是自從圓弧形跨海大橋在1998年完工，成為亞洲第一座單樑懸吊式鋼橋，白色的橋身、簡潔的造型，橫跨漁港航道，南方澳就形成一個圓環形狀，車行可直接環繞市區，讓居民及遊客方便許多，而跨海大橋也成了觀光景點，更是當地的驕傲。
南天宮媽祖廟
南方澳是一個天然漁港，居民多以捕魚為業，公元1946年居民因感念媽祖顯靈相救，遂於1950年臘月籌建南天宮媽祖廟，並於1952年完成大殿，1956年(民國45年)11月18日全廟落成。公元1990年（民國79年）請來20多名師傅打造全世界最大的一尊金身媽祖神像（全身皆為純金打造，重達200公斤）民國84年9月10日子時安座，吸引許多人來此朝拜，香火鼎盛。