有別於一般的美術館分棟或是分層展覽的概念，金澤21世紀美術館以兩大主軸為主要設計方向。
一是創造一個綜合空間，使美術館內的空間依展覽而彈性變化，且彼此之間要有強烈的連結性。二是美術館注重「人與環境」的價值，從遊客到館員，只要是其活動範圍都必須被詳細規劃考量，因此建築師將海島型的概念應用於此，即是將不同的展區集中在圓型的內部，而且外圍使用落地的玻璃透明窗，讓美術館像一個透明飄浮的大扁圓島一樣，在館外也能對館內的活動一目了然，加強整個空間的延展性。
此外，金澤21世紀美術館，將20世紀的3M主張（Man、Money、Materialism）轉化成21世紀的3C主張（Consciousness、Collective Intelligence、Co-existence）這3C也是美術館的成立宗旨和展覽方向。基於這個的理念，此美術館是免費入場的，甚至有不少金澤市民選擇在美術館外的公園舉辦婚禮。
金澤21世紀美術館提供了與市民共同欣賞全球當代美術表現的場所，展示著種種表現豐富的當代美術作品。美術館藉由讓參觀者親身接觸和體驗這些藝術活動，發揮著溝通地方與未來創造的橋樑作用。