穆罕默德·阿里清真寺是大城堡中最醒目的建築。這座宏偉的清真寺，竣工於1848年，建築師沿襲傳統的奧斯曼清真寺的形式打造，整座建築極具土耳其風韻。由於大量使用雪花石膏來裝飾門面，因此又有「雪花石膏清真寺」之稱。
穆罕默德·阿里在埃及近代史上享有極高的聲譽。他在19世紀統一了埃及，認為有必要在城堡中建造一座清真寺，以供祈禱用，於是花費18年的時間建造了這座清真寺。它象徵著一個現代化的埃及，就如同金字塔是古埃及的標誌一樣。
阿里清真寺有兩座尖塔和一個巨大的圓頂。由於建築師來自土耳其，所以它基本上是蘇丹阿曼清真寺和土耳其聖索菲亞大教堂的混合體。清真寺的建築集宏偉於大成，除了巨大的圓頂，還有兩座高達82米的、全埃及最高的尖塔。
阿里清真寺包含寺內的禮拜殿和室外的庭院兩部分。高聳而華麗的禮拜殿，是清真寺最引人注目的部分。禮拜殿內非常舒適，在熾熱的開羅市區裡，阿里清真寺令人倍感清涼，殿內採用了極佳的采光設計，自然光從圓頂密佈的彩色天窗透下，營造出極其神聖的意境。
禮拜殿的東北有一座大理石墳墓，這便是穆罕默德·阿里的墳墓。
如果你一個晴朗的好日子參觀阿里清真寺，站在寺外的廣場上，可以望見尼羅河對岸的金字塔。