澎湖開拓館本館是日治時期澎湖廳長及台灣光復後澎湖縣長的官邸，於1935年三月竣工落成，是日本「大正－昭和」時期的建築，建築風格融入結合了東西方建築的特色，圓形的窗櫺、歐風八角窗、文藝復興風格的內開木質大門，入口玄關的淡雅磁磚壁面、日式文化瓦、屋頂及拉門，就地取材的貓公石矮牆，整棟建築物充滿歷史文化特色。
館內展示開拓澎湖史料文物，依序從歷史－開拓序曲、移民路迢迢、勇闖黑水溝、聚落開拓、戰爭－烽火澎湖、政經文教發展、建設現況以及閱讀澎湖等展區，邊走邊看都是娓娓道盡先民開拓的艱辛歷程。全館佔地面積2001平方公尺（約605坪），室內面積320平方公尺（約97坪），戶外庭園有百年榕樹、高聳的大葉欖仁，庭園裡澎湖特有植物眾多，提供優質的休憩空間。