馬祖歷史文化館整建於民國63年，新建民俗文物館，91年完成。透過漁、農、婚、喪、喜、慶、建築、語言等生活民俗文物，來呈現馬袓獨特的閩東文化特色。文物館採閩東建築樣式，為單棟建築物，造型卻高低錯落，塑造聚落群體意象。文物館內展示的主題有九大項：

1.馬祖印象館：馬祖地理、地質、自然生態、風俗民情介紹等。

2.特展館：主題性的特別展覽或館際間交流展。

3.源流館：馬祖發展之起源、打造家園的艱辛歷程。

4.建築館：傳統閩東建築造型、結構、材質、工法及鎮宅設施等。

5.生活館：馬祖居民食、衣、住、行、娛樂等生活風貌。

6.產業館：漁、農及民生相關產業文物。

7.閩東學館：閩東傳統民俗音樂、民歌、童謠、閩劇戲曲等主題。

8.禮俗館：閩東地區生命、婚嫁、節慶、宗教等禮俗文物。

9.工藝館：閩東傳統編織、編器、雕刻、刺繡、剪紙、陶瓷等文物。

裡面寶藏著馬祖早期民生的用品，像是船隻.製造繩子的工具.簑衣等等，在裡面逛一圈，就可以知道馬祖的用品及其風采。