考古發掘發現了公元前三千年前的建築物遺蹟，證明此地曾存在以農業為基礎的文明，並已經發展出了曆法，可以確定兩分兩至。
後來猶太人在此建立了恩戈地城，該城曾以出產一種秘制香料而聞名，遠銷希臘、羅馬等地，並以此積累了大量財富。但拜占庭帝國皇帝查士丁尼一世在迫害猶太人時摧毀了該城，這種香料也就此失傳。13世紀到1948年第一次中東戰爭間，數個猶太人和貝都因人聚落曾在此活動，但都未形成永久定居點。 1848年4月，William Francis Lynch帶領一支美國探險隊從約旦河匯入死海，美國探險隊「發現」恩戈地，並將其命名為George Washington Spring 。
1956年，一些猶太人在恩戈地綠洲旁建立了一座同名的基布茲，以生產反季節水果和礦泉水著稱。
1972年，以色列政府將恩戈地列為自然保護區，如今它已是以色列最重要的國家公園之一。