乾隆五十一年（1786年），福建省臺灣府發生林爽文事件。林爽文在攻陷彰化後，其部將王作亦攻陷竹塹城。王作的部眾軍紀不良，對地方多有所滋擾。桃園新竹苗栗居民多有以鄉勇的形式組織義民軍，抵抗林爽文的部眾，保衛自己的家鄉。在新竹地區，在陳資雲倡議下，組織義軍千餘人維持地方平靖。初始作戰不利，但在清將壽同春的協同下，收復竹塹，其後並協同各地泉籍、平埔族義軍轉戰鹿港彰化等地。事件平定後，鄉紳王廷昌出資四處撿拾忠骸，並和林先坤、黃宗旺、吳立貴商議建塚立廟。其後在戴禮成等三兄弟捐地、釋教居士王尚武捐巨資下，廟宇在乾隆五十五年竣工於枋寮（即今新竹縣新埔褒忠亭義民廟），收埋包括客籍、泉籍、平埔族民的忠骸二百多具，當時稱為褒忠義民亭。
其後在同治元年戴潮春事件時，姜殿邦和劉維翰等各募集鄉勇，協同大甲當地義軍，協防大甲，而其陣亡屍骸百餘具亦收埋於新埔義民廟。
新埔義民廟有獨特的義民爺祭典。新埔義民廟的祭典最初濫觴於王廷昌等四姓首事輪祭，其後在道光年間漸次演變成廟產由湖口等四大客莊輪流管理，而祭祀則由桃園、新竹一帶十三客莊聯莊輪祭，形成獨特的義民爺祭典。最後終於演變成今日的十五聯莊輪祭。日治時期後，隨著北臺灣客家人往外縣市二次移民，也將桃竹苗為主的義民信仰，逐漸分香到全台各地。