本稱至聖林，是孔子及其家族的墓地。孔子死後，弟子們把他葬於魯城北泗水之上，那時還是『墓而不墳』（無高土隆起）。到了秦漢時期，雖將墳高築，但仍只有少量的墓地和幾家守林人後來隨著孔子地位的日益提高，孔林的規模越來越大。東漢桓帝永壽三年，魯相韓為修孔墓，在墓前造神門一間，在東南又造齋宿一間，以吳初等若干戶供孔墓灑掃，當時的孔林『地不過一頃』。到南北朝高齊時，才植樹600株。宋代宣和年間，又在孔子墓前修造石儀。
目前是中國規模最大、持續年代最長、保存最完整的一處氏族墓葬群和人工園林。林牆全部用灰磚砌成，高達三、四米，長達7.3公里，占地3000畝，牆中古木參天，茂林幽深，相傳孔子的弟子，各以其故鄉的樹木種植於孔林之內，因而樹種極多。林中墓塚累累，碑碣林立，石蟻成群，除孔子、孔鯉、孔及這祖孫三代墓葬和建築外，還有孔令貽、孔毓垢、孔聞韶、孔尚任墓等。這裏的墓碑除去一批著名的漢代石碑被移入孔廟之外，尚存有李東陽、嚴嵩、翁方綱、何紹基、康有為等歷代大書法家的親筆題碑，故而孔林又有碑林的美名，堪稱書法藝術的寶庫。
孔林中神道長達1公里，蒼檜翠柏，夾道侍立，龍幹虯枝，多宋、元時代所植。林道盡頭為「至聖林」木構牌坊，這是孔林的大門。由此往北是二林門，為一座城堡式的建築，亦稱「觀樓」。四周築牆，牆高4公尺，周長達7000餘米。牆內有一河，即著名的聖水—洙水河。洙水橋北不遠處為享殿。是祭孔時擺香壇的地方。殿前有翁仲、望柱、文豹和角端等石獸。享殿之後，正中大墓為孔子墳地，墓前有明人黃養正巨碑篆刻『大成至聖文宣王墓』。東邊為其子「泗水侯」孔鯉墓；前為其孫「沂國述聖公」孔子思墓。據傳此種特殊墓穴布局稱之為「攜子抱孫」。
孔子墓前東側有三亭，是宋真宗、清聖祖和清高宗來此祭孔時停留之處，叫作「駐蹕亭」。墓南二百米處的亭殿後，有子貢親手栽植的楷樹遺跡和「子貢廬墓處」。
孔林中除孔子墓外，氣派較大、墓飾規格也高的，要數第七十二代孫孔憲培妻子的墓－于氏坊。這位于氏夫人原來是乾隆皇帝的女兒，因當時滿漢不通婚，皇帝便將女兒過繼給一品大臣于敏中，又以子女名義下嫁給衍聖公，故稱于氏坊。
孔林裏還有一位名人之墓，那就是清代戲劇家孔尚任，他因著《桃花扇》一書而名盛一時。他的墓穴位於內圈外側的東北角。墓碑上刻有：奉直大夫廣東清吏司員外郎東塘先生之墓。孔尚任曾為康熙皇帝導遊孔廟和孔林，由於他學識淵博，講解生動而深得皇帝的賞識。
林內存有數千塊宋、金、元、明、清、民國等朝代的墓碑和謁陵題記刻石，其中有李東陽、嚴嵩、翁方綱、何紹基、康有為等歷代大書法家的親筆題碑，因此孔林又有「碑林」的美名。另外還可看到各代的石人、石馬、石羊、石獅、望柱、供桌和神道坊等石儀。此外，原有一批漢代石碑已被移入孔廟。