黔東南州博物館的建築形式頗有民族特色，中央塔樓採用侗族鼓樓重簷形式，東西塔樓採用苗族吊腳樓形式，以外觀來強調黔東南是「苗侗之鄉」，整個博物館由「黔東南概貌館」、「少數民族風情館」、「少數民族服飾館」、「龍舟館」和「現代民間工藝美術館」等主題館組成。三樓、四樓是主要的開放展覽區域。由於黔東南的主要人口構成是苗族和侗族，所以博物館裡最重要的是「少數民族風情館」和「少數民族服飾館」中的苗族和侗族展廳，這兩個館通過圖、表、實物按歷史、不同分支、習俗等作分類，陳列了很多反應苗、侗兩族日常或難得一見的各種實物，對苗族和侗族的文化、傳統、歷史等都進行了很好的展現。
整個博物館的鎮館之寶在苗族展廳裡，裡面陳列了一件劍河的錫繡作品，用錫絲作為原料，用傳統的繡法做成一件讓人歎為觀止的苗裝，顯示了生活在劍河一帶的苗族人高超的刺繡水平。另外一個常規展出以黔東南不同的市縣為展覽單位，呈現當地特色風情，但是布展沒有民族館那麼細緻精美。
如果你是四五個人結伴同行，則會有博物館館員免費領著你逛博物館，經過他們的講解，可以獲得更加清晰的信息。當然了，參觀完博物館之後，館員會帶你去一樓參觀工藝品店，這裡麵店家的手工藝品品相都不錯，但價格稍貴。館員不會強迫你購買，你隨意即可。在這裡還能找到黔東南本土書籍、明信片這類的印刷出版物，可以帶回去作為禮物。