萬年寺原有殿宇7重，規模宏大，後毀於大火。目前有殿宇兩重，為1953年重建。寺內有雄偉的山門、彌勒殿、觀音殿、般若堂、毗盧殿、無梁殿、巍峨寶殿、大雄寶殿、鐘鼓樓、行願殿，其間還有花園、亭榭、水池等，頗似一座環境清幽的園林。遊玩萬年寺，最不可錯過的是無梁殿和萬年三寶（佛牙、貝葉經和御印）。
無梁殿又稱無粱磚殿，因其全部為磚結構建築，故而得名。始建於明萬曆28年，是萬曆皇帝為其母祝壽而建。全殿高17.12米，上呈半圓形中空穹窿頂，下為方形底座，形似蒙古包，象徵天圓地方。殿壁、殿頂，甚至門楣額枋、斗拱、窗欞皆為磚砌。殿內的四面牆壁上，萬佛圍繞。內壁下部有二十四個佛龕，每個佛龕內放有鐵鑄的佛像。穹窿殿頂上，繪著四位飛天的仙女，形象生動，色彩鮮艷。殿頂四角和正中，立有五座白塔。殿頂四角還飾有獅、象、鹿等瑞獸。無梁殿整個造型就是一個巨大的金剛寶座塔。
無梁磚殿內供奉有一尊普賢銅像。銅像高7.35米，重62.1噸，造型為普賢菩薩坐在六牙白象背上的蓮花寶座之上。蓮花寶座為金色，高1.3米，寬2.53米。蓮花寶座下，一頭白色大象，俯首貼耳，目光下視，四蹄平站於四朵蓮花之上。銅像體量大、造型美、比例勻稱、形態逼真、工藝精湛，堪稱是藝術精品。
無梁磚殿後側有著名的「行願樓」，內供萬年寺三寶：佛牙、貝葉經和萬曆金印。這是遊玩萬年寺最不可錯過的。佛牙長約40里面，重6.5公斤，是明代嘉靖年間斯里蘭卡的僧人所贈。事實上據專家考證，這枚牙齒是劍齒象的牙齒化石，距今已有二十萬年的歷史了，頗為珍貴。貝葉經為明代暹羅（今泰國）國王所贈，上書梵文《尊益阿含經》全部經文，具有「不柱蟲，不霉變，不千碎」等特點，為佛門至寶。 三寶之一的萬曆金印最為珍貴，這枚方印13厘米見方，重4公斤，是明代萬曆皇帝御賜的印章，刻有「大明萬曆，敕賜峨山，御題磚殿，普賢願王之寶」的文字，因是帝王賞賜，雖為銅質僧人亦尊稱為金印。
寺中環境清幽，留存有大量歷史碑刻，其中最著名的是宋代書法家米芾手書的「第一山碑」。