侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館位於原日軍大屠殺遺址之一的萬人坑，是一處以史料文物、建築、雕塑、影視等綜合手法，全面展示「南京大屠殺」慘案的專史陳列館。
展館分為廣場陳列、史料陳列、遺骨陳列三個部分。廣場陳列有記錄大屠殺時間的十字架形標誌碑、刻著遇難者名字的「哭牆」、記載大屠殺史實的浮雕、大型石雕母親像、「萬人坑」遺址等。
在平頂半地下墓室形的史料陳列廳內，有《人類的浩劫——侵華日軍南京大屠殺史實展》、《勝利1945》等展覽，展出的史料包括當年日軍屠殺現場照片、如《拉貝日記》等記錄大屠殺的文獻及報道、倖存者名冊及證詞、大屠殺時日軍使用的軍用品、犯下罪行的日軍官兵日記及供詞等。展廳中設有數個影視廳，用於播放有關南京大屠殺和抗戰題材的紀錄片、影視片。
而在棺槨狀的遺骨陳列室中，可以看到從「萬人坑」中挖出的部分遇難者遺骨，這是侵華日軍南京大屠殺暴行的鐵證。
來到尾廳還有「12秒」，每隔12秒一滴水就從高空落下，側面牆上貼有遇難者遺像的燈就一閃而滅，象徵著一個生命的消亡。
紀念館再現了南京大屠殺的悲慘歷史，揭露日本軍國主義者的血腥暴行，目前已成為國際間祈禱和平與歷史文化交流的重要場所，亦是愛國教育基地，每年12月13日會舉行悼念活動。