梵蒂岡博物館是世界上最早的博物館之一，由12個陳列館與5個藝術長廊組成，彙集了埃及、希臘、羅馬古代文物和文藝復興時期的藝術精華，是一座藏有無價瑰寶的博物館。
雖然梵蒂岡博物館的佔地面積不大，但其堪稱巨作的館藏卻不勝枚舉。如米開朗琪羅創作的穹頂畫《創世紀》和《最後的審判》都收藏於此，十分值得一看。同時，對於愛好考古的朋友來說，館內對於一些古希臘、古羅馬文物的收藏同樣值得研究。當然，除了裡面的藏品，博物館本身的建築風格也很值得稱道。古老的猶如城牆一般的外觀，出口處的螺旋形坡道、松果庭院內的雕塑作品《破碎的地球》，都值得大家細細品味。
因為是熱門景點，這裡每天都吸引了來自世界各地的遊客，如果你打算進入博物館參觀，最好提前來排隊，接近中午的時候人流會相對少一些，或者通過網路提前預訂門票。由於展品數量眾多，如果想把每個展廳都看完可能需要2-3天的時間，不過，要是你鎖定一些重要作品，基本上3個多小時也能滿載而歸。博物館的入口處張貼著以顏色區分的4條建議參觀路線，參觀時間分別為1個半小時、3小時、3個半小時以及5小時。你可以根據自己的時間來安排。不管是選擇哪條線路，每條路線都以西斯廷教堂作為終點。
當然你也可以提前在網上做好功課，博物館官方網站上為遊客介紹了各展館不容錯過的展品，建議遊覽之前先看一 下。
進入博物館需通過安檢，安檢出來後右手邊就是書攤，均價16歐元左右，都是介紹一些博物館裡的名作，有興趣可以買一本留作紀念。在出口處也有紀念品櫃檯，石板油畫的價格不菲，35-70歐元不等。仿真的油畫10歐元一張。另外，梵蒂岡博物館內還有郵局，給朋友或者親人寄一張明信片是不錯的選擇。
接下來首先遊覽的就是松果庭院，這裡保留了16世紀歐洲觀景庭院的風格，著名的雕塑作品《破碎的地球》是雕塑家阿納爾多‧波莫多羅的作品，另有一個在聯合國。庭院北面盡頭有棵高約4米的巨型青銅松果樹，樹的兩側有兩個青銅孔雀，這是公元二世紀的複製品，原件保存在博物館內。庭院的一側還有西斯廷禮拜堂的壁畫說明圖，遊覽之前可以先看一下。
從庭院的右側鐵門進入後就是希臘羅馬雕刻藝術館，包括基亞拉蒙蒂博物館（Museo Chiaramonti）、比奧克萊孟博物館（Museo Pio-Clementino）的胸像陳列室（Room of Busts）、新翼陳列室（Braccio Nuovo）。《尼羅河》是奧克萊孟博物館內最大的雕像。這個尼羅河神群像是紀念性雕塑，揭示了希臘藝術深受埃及藝術影響的事實。
接著來到庇歐‧克萊蒙提諾博物館（Museo Pio Clementino）的八角庭院（Cortile Ottagono），這裡是著名的雕像展區，博物館中三大鎮館之寶中的兩件雕像作品就在這裡，《拉奧孔》和《阿波羅》。其他像古希臘的雕像作品《海爾梅斯像》和左手拿著美杜莎的頭的《柏修斯》也很有欣賞價值。經過八角庭院後就是動物館了，其實這裡差不多屬於一個過道，面積不是很大，但是東西不少。展品很多都是帶有戲劇化的血腥場面，可以一筆帶過。
庇歐‧克萊蒙提諾博物館的第一展廳是希臘十字廳（Greek Cross Room），這裡最重要藏品是地板上的鑲嵌畫《米涅瓦》，她的希臘名字就是「雅典娜」，著名的智慧與正義戰爭的女神。第二展廳是圓形的，所以也叫圓形展廳，音譯為「羅通達」展廳。展廳中央的大盤很顯眼，據記載是羅馬皇帝尼祿（Nero）的浴盆。
繼續參觀就來到了繆斯館，這裡的繆斯女神像神態安祥，舉止優雅，簡直就是古羅馬美的典範。但是她們只能靠邊站，因為這裡還有另外一件鎮館之寶——《殘軀》。希臘雕像的生命充滿身體各個部分，即使只剩下斷臂殘軀，仍然能給人以特有的生命力和美感。雕像放在展館中央位置，頂部的天花板也值得留意一下。
接著就到了埃及館，全稱是格裡高利埃及博物館（Museo Gregoriano Egizio）。進門口的第一塊石頭，歷史近5000年，是公元前2700多年的。展廳內還有諸多木乃伊，雖然大英博物館裡面也有，但那裡面是關著的，梵蒂岡博物館裡面的木乃伊的棺蓋是打開的，可以直接看到木乃伊躺在棺材裡面。從埃及館出來沿樓梯向上就到了埃特魯斯坎博物館（Museo Gregoriano Etrusco），這裡是以文物收藏家命名的一個展覽廳，這些文物都是從埃特魯斯坎文明的考古遺址Cervederi的大墳地收集來的。
參觀完了埃特魯斯坎博物館之後就來到二樓，200米長的走廊被分成三個展區，坎代拉勃利陳列室（Galleria dei Candelabri Caridclabras）、掛毯陳列室和卡爾泰陳列室（Galleria delle Carte Geograticlle）。天花板上到處都有教皇徽章，坎代拉勃利陳列室內最知名的就是雕像作品《狄安娜》。掛毯陳列室的牆壁上掛著繡有耶穌生平事跡的19幅華麗的壁毯，每張約有四到五百年的歷史。由於早期沒有機器編織，所以這些全都是人工按著草圖一針一針織出來的。
從二樓長廊裡可以直接進入華麗的拉斐爾展室（Raphael's Room），這裡曾是教皇尤里烏斯二世的寢宮，以拉斐爾恢弘且美輪美奐的壁畫作裝飾，這裡由四個連貫的房間組成，其中籤名室中的壁畫作品《雅典學院》被認為是拉斐爾最偉大的傑作之一。另外，君士坦丁室、希略多拉斯室及拉斐爾迴廊中的壁畫作品《波爾哥的大火》也值得一看。
從拉斐爾展室出來，前往西斯廷教堂的路上會經過一個現代宗教美術藏品的展室，裡面也有很多展品，內容當然離不開天主教，但是藝術風格很現代。有興趣可以參觀一下拍幾張。
最後就是參觀整個梵蒂岡博物館的高潮部分——西斯廷教堂。裡邊拱形的天花板上有米開朗基羅的非凡巨作《創世紀》和《最後的審判》。《最後的審判》主要描繪死去的人的靈魂被從墳墓中拉出來面對上帝的場景。該主題由保羅三世選定。當時整個歐洲席捲宗教改革，保羅三世選此主題意在警告天主教徒們，並讓他們循規蹈矩。《最後的審判》飽含激烈的情感，據說反映了米開朗基羅備受煎熬的宗教信念。
如果時間充裕的話，參觀完教堂後還可以去位於梵蒂岡博物館入口進去中庭右邊的繪畫館看看。這裡按年代順序展出的有從拜占庭時代到現代的以宗教繪畫為主的作品。第四展室是梅羅茲奧·達·弗路裡的作品《演奏音樂的天使》。第八展室有拉斐爾的傑作《瑪利亞的加冕》、《弗裡良的瑪利亞》、《基督的樣貌變化》等不要錯過。《基督的樣貌變化》是他最後的作品，下方是由他的弟子完成的。另外，還有10張拉斐爾畫的草圖，由布留塞爾織的壁毯。第九展室有列奧納德·達·芬奇未完成的《聖·吉羅拉莫》、巴洛克藝術的巨匠貝爾尼尼的《基督降架》。
值得一提的是，看完眾多展館的精品之後，還有一處很值得遊客品味的地方，那就是博物館出口處的螺旋形坡道，由摩莫設計建造，世界上獨此一個，上面裝飾有教皇們的徽章。 事實上這條螺旋坡道是由兩條環形坡道構成的，因為視覺上的錯覺，看起來好像只有一條坡道，十分地有趣，估計是輪換開放的。從樓梯頂部朝下拍攝，這個角度的照片出現在各種媒體上。
此外，博物館內還設有餐廳，實在餓了可以選擇在這裡用餐。當然你也可以先在博物館對面的小吃店吃些東西再進去，小吃店提供意大利匹薩這種簡餐，價格較親民。博物館的旁邊就是聖彼得大教堂和聖彼得廣場，通往廣場的小道上還經常會有街頭表演藝人，有興趣不妨觀賞一下。