江戶東京博物館以高床式古倉為藍圖，主要目的是為了保護已面臨消失的江戶東京歷史遺產以及展示東京的歷史和文化。

這是一棟造型奇特的博物館，一入館可看見一座仿製的木拱式日本橋，日本橋自古以來即為東京的代表建築，多次出現在精美的浮世繪上而聞名。 

在比東京巨蛋的廣場還要大2.4倍的江戶東京廣場上，四根支柱支撐著巨大的船型屋頂，把博物館分成上下兩部分：上面是收藏庫、圖書館以及常設展覽室；下面是放映廳、辦公室以及舉行特別展覽處；第六層，則展現了完全按江戶時代復原的日本橋，充分展現出東京每個時期的生活風貌，有實物比例的複製品，也有早期的生活用品，也有手工藝品與醫藥相關收藏，展示品還包括了十八世紀的茶房，劇院和妓院模型，反映出江戶曾是世界上最繁華的城市，以及政治與消費城市。

除了常設展室的資料外，博物館還設有專題展覽和講座活動，以及電影放映館、圖書館、休息室、咖啡廳等設施。