澎湖水族館內提供觀光遊客完美的旅遊諮詢與服務，讓旅客可以更了解各種海洋生物的習性，館內更有各式各樣的海中生物讓旅客大飽眼福。


*礁岩區：佇立於礁岩池前，宛如美麗的海中花園，景象令人驚艷。耀眼的生命律動，點綴出ㄧ片夢幻世界悸動著你我的心靈。
區內介紹：石斑魚、活珊瑚、環紋蓋刺魚 、·天使與蝴蝶、 毒魚缸..等


*海濱區：在這裡我們可以見到幾種典型的澎湖海岸—沙岸、岩岸、珊瑚淺坪，在不同的生態系中，將孕育著不同的生物族群與活動。
區內介紹：海馬、箱河豚 、海葵小丑魚 、·綠蠵龜 、 ·梭子蟹 ..等


*大洋區：在深沉安靜的海底世界中，巨型的龍膽石斑在此現身，令人聞之色變的鮫鯊，在這裡，讓我們有著與魚共舞的感覺。
區內介紹：海馬、箱河豚 、海葵小丑魚 、·綠蠵龜 、 ·梭子蟹 ..等