虎井嶼和桶盤嶼相似，有柱狀節理玄武岩景觀，因為崖下海水清澈，素有「虎井澄淵」之名。

虎井里"隸屬馬公市的轄區，距馬公港約七海浬，是一個典型的傳統漁村型態，因此參觀漁村成為該島的特色。全島為東西向伸展, 東西兩端為突起東山及西山，在數以萬年前，東山及西山原為分隔的兩個小島，二島相隔處因長期不斷沈積而堆積成一片將兩個島連接在一起的陸地，就地質學上稱這種型態為“陸連島”。
虎井原名“好井”(閩南話虎與好諧音)，原來位於虎井東山，有一口因岩層自然崩塌所形成的深穴，穴中湧出地下水，水質甘美，當地人便稱這口井為“好井”，相傳有一次島上一位婦人，帶著小孩前去這口"好井"汲水，小孩不慎掉落井中淹死，村民為警示這口曾經淹沒小孩的井，因而改稱"虎井"，以示那口井是會吃人的『虎』之意，目的就是要提醒大家去汲水時必須防範摔落井中。
相傳傳說十七世紀荷蘭人曾在島上建蓋城堡，卻因戰火而沉入海底，雖然近幾年來有學者前往勘察也未有重大發現，讓三百年來的「虎井沉城」至今仍然是個解不開的謎團。